Отвечу сам, может быть Ilyusha или другие форумчане еще что-нибудь добавят. 1.Концепция приема мяса полностью расходится с аналогичным каноном, ну, например, Брихата Трайи. В связи с этим выдвигается утверждение, что наука о субстанциях в Аюрведе была переделана сначало при Акбаре, а потом при английском владычестве над Индией.
2.Не соответствующие предписаным техники, в частности, Марма-терапии.
3.Соединение в одно целое Аюрведы и дхарма шастр, попытки использовать Аюрведу в целях проповеди, не смотря на шлоку "дхарма артха кама мокша намарогйам муламуттамам" - здровье нужно для реализации Дхармы, Артхи, Камы и Мокши. Получается же, что Аюрведа становится Дхарма шастрой, и три последние теряются. Цель Аюрведы не проповедь какой-бы то ни было религиозной, мистической или йогической системы, а здоровье человека. А находясь в состоянии здоровья человек своей СВОБОДНОЙ волей должен сам определиться со своей верой или идеями.
4.Высказывается "авторитетное" мнение, что некоторые терапевтические техники не приемлимы, особенно в "нашу Кали-Югу". Например, уринотерапия.
Я особо не вдавался в исследование этой темы, но, думаю, есть и другие попытки.